In der Kirche befinden sich zwei Rundfenster, die vom Beinwiler Paul Eichenberger (1891-1984) gestaltet wurden. Das hintere Fenster weist auf die biblische Geschichte von der Speisung der Fünftausend (Markus 6) hin, in der Brot und Fisch zum Symbol der göttlichen Botschaft wurden. Das vordere Glasfenster zeigt die jubelnden Engel „Soli deo Gloria“ – Gott allein die Ehre (Leitspruch des ehemaligen Staufbergpfarrers Schenkel). Leider wurde das Fenster im Mai 2009 stark beschädigt. Georges Gisler aus Luzern restaurierte das Rundfenster im Sommer 2009.
Anlässlich der Ablösung von der Reformierten Kirchgemeinde Staufberg (1990) und zum 40-Jahr Jubiläum der Kirche wurde die Kirchgemeinde Niederlenz mit Kunstfenstern für die Kirche beschenkt. Die Ortsbürger von Niederlenz stifteten fünf grosse farbige Kirchenfenster.
Karl-Heinz Bürger aus Brittnau fertigte die Fenster an. Die Gläser für die Kirchenfenster wurden von ihm in Zylindern selber geblasen. Nach dem Erkalten wurden sie aufgeschnitten, erneut erhitzt und flach gewalzt. Die Farben sind ein Geheimnis des Künstlers.
Die Aussage der Fenster handelt von der Schöpfung, führt hin zum Licht und weist auf das Empfangen von Gottes Geist hin. Die Kirchenfenster entstanden unter der Inspiration „Mache dich auf, werde licht, denn dein Licht kommt!“ (Jesaja 60)
Bei der Betrachtung der gesamten fünf Fenster, bemerkt man eine aufsteigende Linie. Vom Fenster unter dem Empore, hin zum Hauptfenster, wo sie sich beim letzten Fenster wieder neigt. Diese Linie erinnert, dass die Niederlenzer Kirchgängerinnen und Kirchgänger während Jahrhunderten auf den Staufberg zum Gottesdienst gegangen sind.
Mit Hilfe der Hetex-Stiftung konnten auch noch die drei kleinen Fenster unter der Empore durch Kunstfenster ersetzt werden. Diese neuen Kirchenfenster wurden ebenfalls von Karl-Heinz Bürger erschaffen.
Das vorherrschende Gold bringt das verheissene neue Jerusalem näher (Offenbarungen 21). Die fast quadratischen Fenster zeigen diese Stadt wie ein Würfel und als Zeichen der Vollkommenheit. Die Stadt bedarf nicht der Sonne noch des Mondes, denn der Lichtglanz Gottes erleuchtet sie alle. Ein mächtiger Wasserstrom versorgt die Stadt und bringt die Bäume zum Blühen, dass sie jeden Monat Früchte tragen. Es wird keine Nacht, keinen Tod, kein Leid mehr geben, nur noch Friede, unaussprechliches Glück.