Im Unteren Seetal ist die Kirche auf dem Staufberg mit Abstand die älteste. 1528 schlossen sich die Herren von Bern der Reformation an, dieses Dekret galt auch für den bernischen Aargau und somit auch für Niederlenz. Als sich Lenzburg 1565 von der Mutterpfarrei Staufberg löste, entschlossen sich die Niederlenzer, bei jener Kirchgemeinde zu bleiben und den Gottesdienst weiterhin auf dem Staufberg zu besuchen.
Vielleicht kann man in der Anlegung eines eigenen Friedhofes in Niederlenz im Jahre 1876 einen ersten Schritt zur Ablösung erkennen. Ein zweiter Schritt war wohl der Bau der eigenen Kirche. 1944 legte die Schweizerische Leinenindustrie Fr. 100’000.- in eine Stiftung zum Bau einer Kirche in Niederlenz. Diese hatte aber den Passus, dass der Betrag erst ausgelöst werden kann, wenn Niederlenz eine eigene Kirchgemeinde sein wird. An der Kirchgemeindeversammlung vom 9. Dezember 1984 wurde der Antrag überwiesen, die Teilung der Kirchgemeinde zu prüfen.
Am 11. September 1989 fand eine ausserordentliche Kirchgemeindeversammlung in Niederlenz statt. Von 349 anwesenden Stimmberechtigten waren 258 aus Niederlenz, der Teilung wurde mit 291 Ja gegen 13 Nein klar zugestimmt. Um der ganzen Gemeinde die freudige Entscheidung mitzuteilen, wurde daraufhin mit allen Glocken geläutet. Ab 1. Januar 1990 ist die selbständige Kirchgemeinde Niederlenz Wirklichkeit.